内战期间是林肯政治生涯的第三个阶段,也是林肯的奴隶制和种族观点发生重大变化的时期。长期以来,林肯一直被视为《解放宣言》的缔造者。然而从20世纪60年代以来,林肯的“伟大解放者”身份遭到了黑奴自我解放理论的严重挑战。该理论的代表人物文森特·哈丁(Vincent Harding)认为林肯在黑人解放过程中一直是被动和迟疑的,黑人在内战之初的持续逃亡,迫使其走上了解放奴隶之路;“从法律视角来看,《解放宣言》没有解放一个黑奴”,大量的黑奴通过逃跑、暗中破坏种植园、参加当地的起义、为联邦军队服务等方式完成自我解放的。 20世纪80年代,这种理论在美国社会史学家中一度获得了正统学说的地位。但是,以知名内战史学者詹姆斯·M.麦克弗森(James M. McPherson)为代表的一批学者坚持为林肯辩护,认为林肯的坚定的反奴隶制思想、娴熟高明的政治领导艺术和对联邦军队的成功指挥,是奴隶制最终得以废奴的必要条件。